Проект EU.WATER застосовує стратегію, що дозволить забезпечить тривале застосування принципів інтегрованого керування водними ресурсами в регіонах, що представляють різні екологічні й соціальні аспекти Південно-Східної Європи: від інтенсивно алювіальних (IT), континентальних (HU) та інтенсивного сільського господарства (RO), аж до средиземноморского сільського господарства (GR). Інакше кажучи, загальна стратегія комплексного керування водними ресурсами, заснована на сильних наукових знаннях, буде розроблятися з урахуванням потреб конкретних районів, апробація на пілотних заходах забезпечить уточненя й капіталізацію на основі місцевих політик розвитку.

Заходи здійснюються в тісній взаємодії із зацікавленими сторонами. Увага буде направлена на залучення як місцевих так і регіональних установ у відповідних регіонах (а також сусідніх) для реалізації проекту. Із цією метою основну роль буде відігравати створення місцевих мереж. Спільний підхід вважається необхідним для сприяння розширенню можливостей і забезпечує актуальність проекту, його ефективність і стійкість. Реалізація проекту ґрунтується на внутрішній якості й системі керування, що має можливість:

- надати максимально ефективні проектні заходи, досягти очікуваних результатів і внести ефективний вклад у досягнення загальних цілей проекту й програми;

- управляти наявними ресурсами регулярно й ефективно;

- здійснювати постійний моніторинг, оцінку й звіти про хід здійснення проекту.